vamos a clonagem, com o linux startado, abra o shell e faça isso como root. No shell digite:
dd if=/dev/hda of=/dev/hdb
Em seguida de enter e aguarde…
O processo é demorado, só para se ter uma base, eu clonei um HD de 20GB/5400rpm pra um HD de 80GB/7200, o tempo da clonagem foi de 57 minutos.
Ao termino do processo, o dd lhe informara os dados referentes a clonagem e pronto, agora você tem um clone de seu HD.